依照PPP项意图传统分类，分为非经营性、准经营性以及经营性PPP项目，其间政府付费PPP项目归于非经营性项目，即项目自身不产生经营性现金流，需求政府经过绩效考核付出社会资本可用性服务费和运维服务费。跟着地方政府PPP项目开销占一般公共预算开销10%红线的不断迫临，以及财政部一系列严厉标准PPP方针的出台，PPP项目特别是政府付费PPP项目入库越来越难。为了更好的进步政府付费PPP项目入库概率，PPP咨询机构遍及的做法是在PPP项目施行方案中添加经营性的项目收益，然后将非经营性PPP项目转化成准经营性PPP项目，但这也带来了相关增值税交纳的问题。
准经营性PPP项意图界说是指项目自身产生的现金流缺乏以满意盈余要求而需求政府在运营环节供给补助，也即为PPP项目企业来供给可行性缺口补助。根据税法规则，财政补助本质上与企业的出售行为无关，无须交纳增值税。而政府付费PPP项目从非经营性PPP项目转化而来，政府付出可用性服务费和运维服务费，本质上归于政府收购行为而非政府补助，对PPP项目公司而言归于出售的收益，应交纳增值税。
在政府付费PPP项目中，经营性收益部分例如停车场收费、商铺租借、景点门票、广告收入等，一般所占份额很小，缺乏10%，只能稍微减轻政府财政开销担负，但并不能因此将其确定为准经营性项目，将政府付费变为政府补助而不交纳补助部分的增值税。
根据《财政部税务总局关于调整增值税税率的告诉》（财税〔2018〕32号）调整增值税税率的最新文件，纳税人产生增值税应税出售行为或许进口货品，原适用17%和11%税率的，税率别离调整为16%、10%，对照政府付费PPP项目触及的增值税应税出售行为：
政府付费包含可用性服务费与运维服务费，其间可用性服务费占大比重。可用性服务费的核算一般是根据出资报答率等额本金或等额本息测算当年的可用性服务费付出金额，一部分定见以为社会资本出资于该项意图报答类似于政府还本付息给社会资本，视作社会资本为政府供给金融服务，而适用6%的增值税税率。在销项税额按6%征收增值税，而进项税额按10%征收增值税（归于工程服务）的状况下，有几率存在销项税额缺乏以抵扣进项税额，而所需交纳增值税为0的状况。
还有一部分定见以为可用性服务费的付出根据社会资本供给项目（工程）的可用性，而且与运维绩效挂钩，视作社会资本为政府供给工程服务，因此适用10%的增值税率，销项税额按10%征收增值税。
参照使用者付费项目，按经营性部分的服务性质，如出售货品、文明构思服务、物流辅佐服务、旅行文娱服务、租借服务等别离适用对应的增值税税率。
因为增值税归于价外税，在PPP项目财政测算中，不论是项目出资现金流量表、资本金现金流量表仍是赢利表，均可按不含增值税价格核算，增值税不反映在上述财政报表中，特别关于有争议的可用性服务费适用增值税税率，税率多少实践不影响项意图出资内部收益率、赢利等盈余性目标的测算成果。只是在财政计划现金流量表中反映，为实践项目资金运作做好组织。
政府付费PPP项目若要转化成真实意义上的准经营性项目，须大幅度进步经营性部分占项目收入的份额，然后成为政府少数补助的使用者付费项目。途径包含：
1.减缩项目规划，即削减非经营性部分，关于公益性基础设施建造项目工程量大、辐射规划广的特色，削减项目规划较难满意项目可用性作用，至多将项目分解成独立的子项目分步施行。
2.绑缚经营性项目，关于出资额巨大的公益性基础设施建造项目，需求绑缚园区开发、景区开发等适当体量的商业开发项目，才干完成归纳收益的平衡。第一步是要各方面实力很强的社会资本出资、统筹建造运营办理，其次才可能在项目内部区分，例如一个小的非经营性项目对应绑缚一个小的经营性项目，到达大项目内部小项目体系的自收益平衡，易于监测各个小项意图盈亏状况，便于算好总账。